Gokusen mengisahkan seorang guru perempuan bernama Yamaguchi Kumiko yang juga merupakan cucu perempuan kepada seorang ketua yakuza serta pewaris utama kumpulan yakuza tersebut berikutan kematian kedua-dua ibu bapanya. Walaupun hajatnya untuk menjadi seorang guru direstui oleh datuknya, pengikut-pengikutnya tetap mahukan Kumiko untuk menjadi pengganti datuknya itu.

Kumiko (juga dikenali sebagai "Yankumi" di kalangan pelajar-pelajarnya) menjadi guru di sebuah sekolah menengah swasta. Dia menjadi guru kelas di sebuah kelas yang dipenuhi pelajar samseng, Sebagai mana kisah "guru berdedikasi" yang lain seperti Great Teacher Onizuka, Kumiko bukan sahaja mengajar ilmu akademik di dalam kelas, malah turut mengajar anak muridnya mengenai erti kehidupan. Walaupun dia terpaksa menyembunyikan identiti sebenar keluarganya daripada pengetahuan umum, statusnya sebagai pewaris ketua yakuza sering memberikannya kekuatan dalam menghadapi masalah, tetapi selalunya membentuk sebahagian unsur komedi.